九州大学の教育研究の基本的理念やこれを実現するための長期的な目標を明らかにする中期目標については、文部科学大臣が定めています。各部局は、九州大学の第二期中期目標等を踏まえ、部局の特色を生かした中期目標を作成しています。なお、第二期中期目標の期間は、平成２２年度からの６年間です。

第二期中期目標

• 医学部・医学系学府・医学研究院
• 医学部（保健学科）・医学系学府（保健学専攻）・医学研究院（保健学部門）
• 医療系統合教育研究センター